اسرار بسیار زیا دی در دین و برنامه های  ان وجود دارد که درک هر یک دلی دریا و چشمی بینا میخواهد تا جایی که حتی همه انبیاء هم نمیتوانند به تمام اسرار اگاه شوند.غیبت حضرت حجت(عج)از اسرار پیچیده ای است که با ظهور او همه حقایق روشن خواهد شد.عبدالله ابن فضل هاشمی میگوید:امام صادق(ع) فرمود:حضرت صاحب الامر ناچار غیبتی خواهد داشت به طوری که گمراهان در شک واقع میشوند.سوال کردم:چرا؟فرمود:ماذون نیستم علتش را بیان کنم.گفتم:حکمتش چیست؟فرمود:همان حکمتی که در غیبت حجتهای قبل از ان جناب وجود دارد.اما حکمتش جز بعد از ظهور او ظاهر نمیشود چنان که حکمت سوراخ کردن کشتی و کشتن جوان و اصلاح دیوار به دست حضرت خضر(ع) برای حضرت موسی(ع) اشکار نشد جز هنگامی که میخواستند از هم جدا شوند.ای پسر فضل !موضوع غیبت سری از اسرار خدا و غیبی از غیوب الهی است چون خدا را حکیم میدانیم باید اعتراف کنیم که کارهایش از روی حکمت است گر چه تفضیلش برای ما مجهول باشد.از این حدیث استفاده میشود که علت اصلی غیبت حضرت ولی عصر(عج)به دلیل اینکه اطلاع بر ان به صلاح مردم نبوده یا استعداد کافی ان را نداشته اند بیان شده است در عین حال به مواردی از فلسفه ی غیبت در بعضی از روایات اشاره میکنیم:

1-ازمایش مردم                                                           4-نداشتن یار و یاور

2-بیم از کشته شدن                                                    5-تعهد نداشتن نسبت به حاکمان جور 

3-امادگی و استعداد مردم                                            6-خالی نمادن زمین ا ز حجت